Struktur organisasi SMA Negeri 11 disusun secara terpadu dan profesional untuk memastikan tata kelola manajerial sekolah berlangsung efektif, transparan, dan akuntabel.

Kepemimpinan sekolah berada di bawah Kepala Sekolah, didampingi jajaran Wakil Kepala Sekolah yang membidangi Kurikulum, Kesiswaan, Sarana Prasarana, dan Hubungan Masyarakat, serta didukung oleh Kepala Tata Usaha, Dewan Guru, Pembina Kesiswaan, dan Komite Sekolah.